“这样的时间，若能一直持续下去就好了——。”结束了与第8张职阶卡片的英灵之间战斗的伊莉雅等人。为了尽情享受所剩不多的暑假，她们再次进入度假模式。但，这样的日常，过于轻易地被打破。在奔向发生异变的圆藏山的伊莉雅等人面前出现的脱离现实的人影。在突然的交战之后，空间震动。之后，在震动结束后，伊莉雅醒来所见到的是，隆冬的冬木市——平行世界。那里是，美游所出生、成长的世界。将重要的事物，全部守护住——。魔法少女的，实现普通而壮大愿望的战斗现在开幕！

伊莉雅是一个就读穗群原学园的普通女孩子，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。而已是红宝石之星持有人的她，还变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收沉睡于冬木市的某危险的卡片……

某天夜里，伊莉雅被突然飞进浴室的魔法红宝石的巧妙言辞欺骗，而变成了魔法少女。她听从红宝石原来的主人凛的指示，开始回收“职阶卡片”。伊莉雅和作为对手的另一位魔法少女·美游一起，在经历了艰苦的战斗之后终于成功回收了7张职阶卡片。伊莉雅等人也回归了平稳的日常。之后，在回收任务结束的几个星期后，伊莉雅和美游从凛等人之处收到了新的任务。让魔力流入地脉使之安定，本应是如此简单的任务，但却因为出了差错而发生了大麻烦！而这就是新的故事的开端……

在与巴泽特经历一场恶战之后，伊莉雅她们好不容易才回到平稳的日常当中，但就在此时，凛和露维雅却发现了潜藏在地底的第8张职阶卡片！为了回收这第8张卡片，伊莉雅她们不得不与巴泽特合作，但回收卡片的困难程度却超出了她们的想象……

“我想我可以说出来了。我与美游的……至今为止的故事”世界向着毁灭前进。能够阻止毁灭的步伐的，唯有身为“圣杯”的美游的牺牲而已。要选择世界，还是美游——。面对发起“世界的救济”的爱因兹华斯所提出的这个问题，伊莉雅给出的答案是，“拯救双方”这种单纯的“任性”。战斗迎来暂时的休止，一行人暂时栖身于美游与士郎成长的家中。在众人团聚的途中，士郎开始讲述自己与美游的过去。曾经能够无差别地实现任何愿望的神稚儿美游。士郎将无家可归的她带回了自己与切嗣一同生活过的家里。在那之后过了5年。两人如同亲兄妹一般度过着

エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」。大切な人たちと笑いあえる明日を作るために――。魔法少女たちの戦いが、再びは