自らが育った５０１機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした荒巻の薦めにも関わらず自身の部隊の結成を先送りしていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキング

恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子の元に仲間となったバトーから西ノ内のビルで起きた爆弾テロの急報が届く。 現場に急行し制圧するとテロリストたちはファイア・スターターと噂される超ウィザード

戦後復興の兆しある2028年冬――。国外カルテルの利権を巡るデモ活動が激化するニューポートシティで起きた警備の機動隊による無差別発砲事件。全てはファイア・スターターによる電脳感染が引き金だった。草