結束が強化された鷲尾須美、乃木園子、三ノ輪銀の三名は今日も勇者としてのお役目に励んでいる。小学六年生でありながらも彼女たちは、その重要な役割をきちんとこなしていた。かけがえのない日常を大切にしながら。そんな中、世界を滅ぼさんとする「敵」の進化した行動により、三人に危機が訪れる。

「結城友奈は勇者である」より2年前、神世紀298年。鷲尾須美は小学六年にして神樹によって選ばれた世界を守る勇者である。同級生の乃木園子、三ノ輪銀と一緒に「お役目」をこなすことになるが、この2人は天然だ

激化する敵との戦いに備えて、進化していく勇者システム。しかしそれは小学校六年生の少女たちが背負うには過酷なものだった。それでも少女たちは懸命に、精一杯に、日常を過ごしている。この先に待ち構えている運命が何であろうと、彼女たちの間には永遠に変わらないものが芽生えていた。