小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。r服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

12岁女孩子奥菲丽娅有一个凶暴的法西斯军官继父维达，维达的任务就是镇压反抗者，研究各种刑具来折磨残害被抓来的异见人士。眼看着冷酷的继父和其党羽每日作恶还以此为乐，母亲又身怀六甲患病在床，被孤独感和目睹暴行的痛苦困扰的奥菲丽娅开始沉浸在自己的幻想中聊以自慰。一天，奥菲丽娅遇到了迷宫的守护者，潘神。潘神告诉她，她其实是奇幻王国失踪的公主，要想恢复身份，必须通过三个危险的考验。

迷宫都市奥拉里奥——被称为“迷宫”，拥有宏伟地下迷宫的巨大城市。在这条街上，与一柱小女神相遇的以冒险者为志愿的少年，组成了伙伴，挑战了迷宫，穿过了很多死地，实现了进一步的“升级”。给那样的他带来的一封信。写的是对未到达迷宫阶层的远征任务。面对未知的冒险，少年和伙伴们一起迈出了新的一步。这是少年的步伐，女神的记载——【家族的故事】——

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5 名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于 3 地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员 8 名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害 5 人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到 8 年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5 名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到

五个朋友闯入封闭的玉米迷宫在半夜决定发挥的标签无害的游戏。殊不知，一个精神变态的杀手决定一起玩。当他们漫步在迷宫的凶手紧随身后，漫无目的地嘲笑他们，看着他们的一举一动。