被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。 2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳。 17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。 不久，古加兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只古加兽。原来数码世界的数码兽被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码兽。 现在，冒险再一次进化。

19世紀末ロンドン。共和国のスパイ集団であるチーム白鳩に新たな任務が課せられた。それはとある古本屋店主の共和国への受け渡し。王国により拘置所に拘束されていた古本屋店主をアンジェとドロシー、ちせの連携で奪還に成功する。一方その頃、王国では女王暗殺未遂事件を契機に“スパイ狩り”が激しさを増し、共和国側のコントロールでは緊張が張り詰めていた。コントロールは、王国王室に派遣しているスパイが“二重スパイ”である可能性があると推測。真相を探るため、チーム白鳩に王室内に送り込んでいるスパイ、コードネーム“ビショ

「結城友奈は勇者である」より2年前、神世紀298年。鷲尾須美は小学六年にして神樹によって選ばれた世界を守る勇者である。同級生の乃木園子、三ノ輪銀と一緒に「お役目」をこなすことになるが、この2人は天然だ