2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我...

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

由于太阳发射的奥特耀斑导致在沉睡在地球地底和海底的火花人偶（“スパークドールズ”）复活，为了应对接二连三出现的凶恶怪兽和侵略宇宙人，人类结成了装备有超科学机械的特搜防卫队Xio（吉奥）。特殊防卫队Xio队员大空大地在战斗中听到了迷之声，此后与神秘之光结合成为了“艾克斯奥特曼”。

“它们就在你的身边”——在新科技发展的近未来，社交网络上流传着被称为“全息幽灵”（Hologram Ghost）的真假不明的怪奇现象的传闻。初中一年级学生天之河宙，因为启动了父亲失踪后留下的被称为“生命手环 数码器-V-”（Vital Bracelet Digivice-V-）的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物——“数码兽”。从与父亲所托付的顽皮数码兽“伽马兽”相遇的那天开始，宙就被卷入了各种怪奇现象中。盗取人类时间的“缝口男”，或是在夜晚徘徊并掳走人类的“木乃伊男”……全息幽灵，就在大家身边伺机

17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。不久，锹形虫兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只锹形虫兽。原来数码世界的数码宝贝被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码宝贝。现在，冒险再度开始。

看见作为同伴的望月芽心被拥有着玄内样子的谜之男人伤害了，缅因猫兽再一次暴走。「你是不应该诞生的...」在现实世界消失了的缅因猫兽，正式这扭曲的本身。因为拥有过于强大的力量，是毁灭世界的钥匙。在西岛大吾和望月博士面前现身的哈克兽向他们说明了真相。为了保持世界的协调和恒常性，要将过于强大的缅因猫兽视为危险，将其除掉。 由于暴走的缅因猫兽的出现，现实世界也出现了各种崩坏，倒计时已经开始。各地都接连不断的发生变异，通过扭曲而出现的数码兽们都在等待着那个时刻的来临。被选召的孩子们被赶出了发生异常的数码世界，回到了现