被宝可梦抚养长大的少年可可。这个夏天，宝可梦与人类间新的羁绊诞生了。在远离人烟的丛林深处。那里有，不容任何人踏足的，用严格的规定守卫的宝可梦们的乐园—御木屋森林。被幻之宝可梦·萨戮德抚养长大的少年可可就生活在这座森林中。对自己是宝可梦深信不疑的可可，有一天，和小智与皮卡丘相遇了，第一次有了「人类的朋友」。自己是宝可梦吗？抑或是人类呢？危机迫近的御木屋森林，考验着宝可梦与人类，父母和孩子的爱。

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物，在这个世界上，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区，形单影只的皮丘遇见了袋兽母子，此后便与他们共同生活，并最终进化成了皮卡丘。几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到大木博士的邀请，参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。在此，小智在追逐幻之宝可梦洛奇亚的过程中与小豪相遇了。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了

《精灵宝可梦XY&Z》讲述主人公小智揭开从来没有任何人看到过的传说中的神兽Zygarde隐藏的秘密，并且与神秘组织“闪光团”展开激战的故事。小智的精灵甲贺忍蛙出现了不可思议的变化。

无印篇在日本东京电视台始播于1997年4月1日，结束于2002年11月14日。包含了小智在关都地方、橘子群岛、城都地方的旅行。和小智一同旅行的有自行车被皮卡丘弄坏的小霞；以及原本是尼比市的道馆训练家，立志成为神奇宝贝培育家的小刚。在橘子群岛旅行期间，小刚留在了内木博士的研究所，作为神奇宝贝观察家的小建加入了小智一行。

宝可梦是与我们共同生活在这个星球上不可思议的生物，在这个世界上，既有与人类共同生活的宝可梦，也有生活在草丛、天空、以及在水里的野生宝可梦。住在关都地区，形单影只的皮丘遇见了袋兽母子，此后便与他们共同生活，并最终进化成了皮卡丘。几年后，生活在真新镇的10岁少年小智与皮卡丘受到大木博士的邀请，参加枯叶市樱木研究所的落成典礼。在此，小智在追逐幻之宝可梦洛奇亚的过程中与小豪相遇了。目标与最强王者丹帝对战的小智，以及梦想收服所有宝可梦并追寻梦幻的小豪，二人以樱木研究所特别调查员的身份出发，在不同地区展开调查，邂逅了